1958年，中国在全国范围内开展了声势浩大的"大跃进"和人民公社化运动。当时《人民日报》持续刊登了一系列令人震惊的农业产量报道，包括河南省小麦单产达到7000斤、湖北省稻谷单产突破3.6万斤、广西壮族自治区水稻单产高达13万斤等被称作"高产卫星"的惊人数据。
周小舟对吴鉴光的观点表示认同，在与省委副书记周惠商议后，他们做出了终止土法炼钢的决定。这一举措导致湖南省内大量土高炉尚未投入生产就被迫停工。
周小舟针对公共食堂问题向省委提交了三点整改建议：首先，保留群众支持且运营良好的食堂，但要求将现有的大型食堂拆分为小型单位；其次，尊重群众自主选择权，允许自愿回家做饭；最后，重点推广适应农业生产需求的农忙食堂和工地食堂。这些措施旨在对现有食堂体系进行合理化调整。
1958年11月，中共中央在广州举行全国农业工作会议期间，时任湖南省委书记的周小舟坚持如实上报本省农业产量数据。这一做法导致湖南省在会议上被批评为"白旗"典型，农业成绩排名全国末位。然而到1959年，那些获得"红旗"表彰的省份如湖北、广东、河南等，却纷纷向湖南请求调拨猪肉、粮食和肥皂等物资。
1959年6月20日，毛泽东在湖南进行视察工作时，周惠向他询问："主席对当前的发展态势有何看法？"
毛泽东以反问的方式回应道："这个情况我认为很好，你对当前局势有何看法？"
周惠在认真考虑后表示："依我看来，虽然存在诸多问题，但取得的成效相当显著，发展前景依然乐观。"
毛泽东听完后露出笑容，称赞道："总结得很到位！"他随后提出的"成绩显著、存在问题、前景乐观"三点论述，最终被确定为庐山会议的指导原则，这一表述不仅在庐山地区，更在全国范围内产生了广泛影响。
1959年7月，周小舟与周惠前往庐山出席中央政治局扩大会议。在启程前，湖南省工业厅副厅长杨第甫向周小舟提出建议，强调会议期间应当着重总结历史经验教训，对于"左"的错误倾向可以适当举例说明，但不宜将其作为重点批判对象。
周小舟听完后回应道："尊重师长与追求真理并不矛盾。毛主席是我崇敬的导师，但若对老师的言论全盘接受而不加辨别，即使存在谬误也不予指正，这样既阻碍认知进步，也无法真正体现对真理的追求，更谈不上对老师的真挚敬意。"
7月11日夜间，毛泽东在庐山住所与周小舟、周惠以及水利电力部副部长李锐进行会谈。他提出要召开一个同乡会议，并主动表示："1958年发生的某些事情，我应当承担责任，不能把所有问题都归咎于下级单位和各个部门。如果这样做，同志们恐怕会像蒋干那样发出感叹，认为在曹营办事实在太困难了。"
在当时的特殊背景下，湖南省的工作进展相较其他地区更为顺利，这使得毛泽东对周小舟和周惠提出的建议格外重视，并明确表态支持他们直言不讳。周惠在反映情况时指出："当前仍存在不愿正视问题的现象，小组讨论氛围不够开放，李锐同志在会议发言过程中多次遭遇阻挠，导致讨论难以深入展开。"
周小舟明确指出："基层出现的高指标和共产风现象不应归咎于公社干部，根源在于上级领导。亩产万斤的说法根本不切实际，正所谓上行下效，上级的偏好必然导致下级更极端的做法。"
周小舟的言论明显指向毛泽东，然而毛泽东听闻后非但没有动怒，反而表现得更为轻松愉悦，谈吐间充满幽默风趣。
谈话告一段落时，周小舟深受启发，随即建议彭德怀亲自与毛泽东沟通，在他看来彭德怀的观点更具说服力。然而彭德怀显得顾虑重重，回应道："以我的性格，恐怕很难达成共识！况且部分想法尚未考虑周全，贸然交谈可能适得其反，不如先写信表达更为稳妥。"
周小舟表示可以采用书信形式，建议直接整理西北小组的发言记录即可。
彭德怀爽快地应允道："可以，我这就着手写信！"
7月14日，彭德怀通过下属将亲笔信转交给毛泽东，这一举动意外引发了庐山会议的转向，导致周小舟随后遭到批判。8月1日，毛泽东与周小舟进行单独谈话，规劝其"迷途知返，不远而复"，明确表示只要他提交书面检讨并对彭德怀进行揭发，仍可返回湖南任职。
周小舟含泪回应道："主席，这份检讨我实在无法完成。彭总在意见书中引用的诸多情况都是我向他提供的，也是我们建议他向您反映的。当时我们认为以他的身份向您进言可能更有效果，他才写了这封信。现在要我批判彭总，这叫我如何下得了笔？"
毛泽东抬起手臂示意道："可以离开了。"
周小舟起身郑重表示："我已不便返回湖南工作。考虑到新任省委书记对当地情况可能不够了解，建议由周惠同志回去协助。他对湖南各方面都很熟悉，能够有效辅佐新书记开展工作。"
1959年9月底，湖南省作出人事安排，调派周小舟前往浏阳大瑶公社担任党委副书记职务。自此，他开启了在艰难处境中持续奋斗的人生阶段，这种顽强抗争的状态一直延续到他生命的终结时刻……
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